To do well means to be successful, either in a specific endeavor or in general. A student does well when he/she makes good grades. A businessman does well when he achieves his business goals.

ينجح، يفلح، الخ

On the other hand, to do good means to do good deeds, to act charitably and with integrity:

يفعل الخير

To translte this distinction in your particular context, one needs to look at a fuller portion of the text.

اي أن الخطة تم وضعها للتغلب على مشكلة أن الديون التي تقع على كاهل الطلاب المتخرجين تفرض عليهم (فيما بعد) تغليب قيم (أو معايير) النجاح على القيم الأخلاقية.

أي اختيار سبل النجاح العملي أياً كانت الوسيلة (اختيار ما ينفعهم على حساب ما ينفع الناس) أو اسلوب (الغاية تبرر الوسيلة)

السياق هنا مشابه لمقال في جريدة The Boston Globe بعنوان Measuring morals

In "Measuring Morals," Laura Secor examines various attempts to understand how people make ethical decisions in the workplace and elsewhere. Are Americans cheating more than they used to, too often choosing to do well rather than do good? If so, what should be done about the problem?

http://www.boston.com/news/messageboards/ideas/011804/msg1.s...

وفي سياق آخر حول تغليب القيم العملية على القيم المثالية

But many observers argue that we’ve traded
some of Washington’s old idealism for materi-
alism. From World War II through the 1970s,
people typically were drawn to work for the
government as public servants. Now many
come here to do well rather than do good

http://216.239.59.104/search?q=cache:x0YBw_w952AJ:www.echelo...|lang_en&client=firefox-a

--------------------------------------------------
Note added at 2 hrs (2006-12-14 09:32:27 GMT)
--------------------------------------------------

عفوا السياق الثاني حول تغليب القيم( المادية) على القيم المثالية

The distinction is very fine, but this would seem to fit the context given, with أداء being the more favored.

--------------------------------------------------
Note added at 2 days9 hrs (2006-12-16 16:30:21 GMT)
--------------------------------------------------

You might want to say: حسن الأداء فضلا عن تحقيق أداء موائئ فقط

اعتقد أن كلمة well تشير إلى الإجراءات الصحيحة في حين أن كلمة good تشير إلى الإجراءات المرتبطة بالأخلاق والقيم